Tháng 8/1298, Thiên hoàng Fushimi thoái vị và Thái tử nhận chiếu kế vị[3]

Tháng 1/1299, Thái tử chính thức lên ngôi và lấy hiệu là Thiên hoàng Go-Fushimi. Ông đổi niên hiệu thành niên hiệu mới là Shōan (1299 - 1301)[4]

Triều đại của ông chứng kiến sự tranh đoạt ngôi vị giữa hai nhà, nhưng ông cũng cố gắng đi cầu nguyện đền thờ thần Kamo để cầu thần giúp đỡ cho việc duy trì ngôi vị qua các con trai của ông trong nhà Jimyōin-tō. Lời cầu nguyện của ông đã ứng nghiệm, khi Thiên hoàng Kōgon là con trai thứ của ông giành quyền kế vị ngai vàng, dưới sự hậu thuẫn của Mạc phủ họ Ashikaga.

Tháng 2/1301, bị sự chống đối quyết liệt của nhà Daikakuji, Thiên hoàng Go-Fushimi thoái vị và nhường ngôi cho cháu trai là Kuniharu, người sẽ lên ngôi với hiệu là Thiên hoàng Go-Nijō.